Construction d'une centrale photovoltaïque et dérogation espèces protégées : première application jurisprudentielle du dispositif dérogatoire issu de la loi DDADUE

La CAA de BORDEAUX a récemment rendu un arrêt dans lequel elle s'est prononcée sur la nécessité, pour un porteur de projet, d'obtenir une dérogation à l'interdiction de destruction des espèces protégées pour construire une centrale photovoltaïque, à l'aune des nouvelles dispositions introduites par la loi n° 2025-391 du 30 avril 2025, instaurant un dispositif dérogatoire, prévu à l'article L. 411-2-1 du Code de l'environnement.

Les faits

Une Association de protection de l'environnement avait sollicité l'annulation de la décision par laquelle le Préfet du GERS avait implicitement refusé de mettre en demeure un porteur de projet de déposer une demande de dérogation à l'interdiction de destruction des espèces et des habitats protégés, dans le cadre de la construction d'une centrale photovoltaïque au sol.

Le premier juge avait prononcé l'annulation de la décision implicite de rejet et enjoint au Préfet de mettre en demeure le porteur de projet de déposer un dossier de demande de dérogation au titre de l'article L. 411-2 du code de l'environnement concernant les amphibiens.

En appel, la CAA de BORDEAUX a annulé le jugement rendu en première instance, estimant que le Préfet n'avait pas à mettre le porteur de projet en demeure de solliciter une dérogation "espèces protégées".

Rappels sur le mécanisme de dérogations "espèces protégées"

L'Association requérante invoquait les dispositions des articles L. 171-7 et L. 171-8 du Code de l'environnement, lesquelles instituent un régime de sanction à destination des exploitants d'installations classées pour la protection de l'environnement qui ne respectent pas les dispositions applicables à de telles installations.

De jurisprudence constante et établie, un tel contentieux est soumis à un contentieux de pleine juridiction, ce qui implique que le juge statue sur la base des dispositions en vigueur au moment où il rend sa décision.

Or, la loi n° 2025-391 du 30 avril 2025 a modifié l'article L. 411-2-1 code de l'environnement pour prévoir :

"La dérogation mentionnée au 4° du I de l'article L. 411-2 n'est pas requise lorsqu'un projet comporte des mesures d'évitement et de réduction présentant des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l'article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d'évaluer l'efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l'absence d'incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées.

(...)"

La Cour considère qu' "Il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales concernées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l'autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d'une part, à l'absence de solution alternative satisfaisante, d'autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l'un des cinq motifs limitativement énumérés à l'article L. 411-2 du code de l'environnement, parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d'intérêt public majeur."

Elle rappelle en outre que "Le pétitionnaire doit obtenir une dérogation " espèces protégées " si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d'évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire ainsi que les mesures de suivi doivent être prises en compte. Dans l'hypothèse où les mesures d'évitement et de réduction proposées présentent, sous le contrôle de l'administration, des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé, il n'est pas nécessaire de solliciter une dérogation " espèces protégées ". Pour apprécier si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé pour justifier la nécessité d'une telle dérogation, le juge administratif tient compte des mesures complémentaires d'évitement et de réduction des atteintes portées à ces espèces, prescrites, le cas échéant, par l'administration ou par le juge lui-même dans l'exercice de ses pouvoirs de pleine juridiction. Le juge tient aussi compte du dispositif de suivi permettant d'évaluer l'efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l'absence d'incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées."

Conformité au droit de l'Union européenne du dispositif dérogatoire nouvellement introduit par la loi DDADUE

Les requérants soutenaient que les dispositions de l'article L. 411-2-1 al. 1 du code de l'environnement, créé par l'article 25 de la loi n°2025-391 du 30 avril 2025, méconnaissent les articles 12 et 16 de la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 qui interdisent la destruction ou la dégradation intentionnelle des habitats de faune et de flore sauvages protégées sans délivrance d'une dérogation dans les conditions fixées à l'article 16 de cette directive.

La Cour considère toutefois que :

• d'une part, les dispositions de droit interne précitées ne sont pas intervenues pour transposer cette directive mais pour transposer la directive (UE) 2023/2413 du 18 octobre 2023 dite directive RED III, qui modifie notamment la directive (UE) 2018/2001 du Parlement européen et du Conseil du 11 décembre 2018 ;

• d'autre part, et au demeurant, l'article 16 ter de la directive 2018/2001 inséré par la directive dite RED III, prévoit en son paragraphe 2 que lorsqu'un projet d'énergie renouvelable comporte " les mesures d'atténuation nécessaires ", toute mise à mort ou perturbation des espèces protégées en vertu de l'article 12, paragraphe 1, de la directive 92/43/CEE n'est pas considérée comme intentionnelle, ce qui implique qu'elle ne nécessite pas une dérogation " espèces protégées ".

La Cour en déduit que l'article L. 411-2-1 al. 1 du code de l'environnement, qui prévoit qu'il n'est pas nécessaire de solliciter une dérogation " espèces protégées " si les mesures d'évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées par le pétitionnaire, ainsi que les mesures de suivi, présentent des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé, édicte une condition similaire à celle de l'existence de " mesures d'atténuation nécessaires " et n'est donc pas incompatible, dans le cas d'une installation d'énergie renouvelable, avec les directives 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 et 2023/2413 du 18 octobre 2023, alors d'ailleurs que la transposition en droit interne d'une directive n'exige pas nécessairement une reprise formelle et textuelle des dispositions de celle-ci dans une disposition légale expresse et spécifique.

L'analyse des mesures prévues par le porteur de projet

Sur le fond, la Cour a pris le soin de scrupuleusement analyser les mesures prévues par le porteur de projet pour atténuer les effets de son projet sur l'environnement.

La Cour constate ainsi que :

• bien que ni l'étude d'impact ni les agents assermentés de l'Office français de la biodiversité n'aient constaté la présence du triton marbré, du triton palmé et de la salamandre tachetée dans l'emprise du projet, il résulte de l'instruction que la présence de ces trois espèces d'amphibiens protégées dans une mare, d'une surface d'environ 100m², périodiquement en eau, a été constatée par le bureau d'études Melotopic dans un inventaire naturaliste. Toutefois, à l'issue de l'enquête publique, la société avait déjà abandonné son projet d'implantation de panneaux photovoltaïques sur ce qu'elle considérait être alors une ancienne mare.

• En complément de cette mesure d'évitement, la société a également mis à jour son étude d'impact, suite au jugement du 3 juillet 2024 du tribunal administratif de Pau qui a sursis à statuer sur les conclusions à fin d'annulation de l'arrêté du préfet du Gers du 20 mai 2022, jusqu'à l'expiration d'un délai de six mois à compter de la date de notification de la décision, en vue de la régularisation du permis de construire. Or, il ressort de cette étude d'impact actualisée que les 3 espèces d'amphibiens en cause ont une valeur patrimoniale forte et sont potentiellement présentes tant en déplacement que, ainsi que le révèle un constat de commissaire de justice du 17 mars 2025 comportant des photographies produites par l'association, en habitat de reproduction d'amphibien lorsque des larves sont présentes dans la mare. Il ressort aussi de cette étude actualisée qu'en phase de chantier, l'impact est faible car la mise en place du projet entraînerait seulement la destruction potentielle d'individus de triton palmé si la phase de travaux lourds de début de chantier venait à avoir lieu au cours de la période de reproduction de ces espèces (mars-mai/juin), ce qui n'est pas le cas. De même, une mesure d'évitement du printemps et du début d'été est prévue pour privilégier la fin d'été et l'automne (entre septembre et décembre) et il n'est pas établi que la période d'accouplement hors de l'eau de la salamandre tachetée durerait d'avril à septembre avec un pic d'activité en juillet.

• Enfin, la mesure MCR2 prévoit un balisage de cette zone. En phase d'exploitation, la mesure MCR4 confirme la création d'une mesure d'évitement de cette mare centrale par suppression de l'installation des panneaux photovoltaïques initialement prévus, la mesure MCR5 prévoit la création de mares à caractère temporaire afin de favoriser l'accueil d'une flore et d'une faune inféodées aux milieux aquatiques et la mesure MCR6, dont rien n'établit l'inefficience, vise à améliorer le fonctionnement de la mare en cause et même sa restauration en la curant, en créant des profondeurs différentes et en débroussaillant les berges Sud-Est, Nord-Est et Est pour faciliter l'ensoleillement et favoriser la mise en place d'une flore diversifiée et typique des points d'eau qui devrait permettre de créer une zone refuge, de chasse, de reproduction et de ponte pour la faune aquatique.

• De même, si l'association fait valoir, à l'appui de l'inventaire précité, que la destruction de la haie centrale constitue un impact majeur pour les populations d'espèces protégées de la zone dans la mesure où elle représente, outre un habitat de repos et d'hivernage, l'unique corridor entre cette mare et une autre mare située à 150 mètres dans des boisements, toutefois l'étude d'impact actualisée prévoit le maintien non seulement d'une partie de la haie centrale Ouest mais aussi, pour partie, de la haie centrale Est, juste à côté de laquelle se situe la mare en cause et qui jouxte un vaste espace boisé où se situe l'autre mare, les amphibiens pouvant ainsi se déplacer entre les deux mares de sorte que leur cycle biologique sera préservé. A cet égard, la circonstance que les mesures d'évitement et de réduction figurant dans l'étude d'impact actualisée n'aient donné lieu à aucune prescription complémentaire prise dans le cadre d'un permis de construire modificatif n'est pas de nature à faire obstacle à leur prise en compte au regard de l'engagement de les respecter pris par le porteur de projet. De même, s'il ressort d'une carte IGN qu'un ruisseau non répertorié par l'étude d'impact est présent sur le site d'emprise et si l'association soutient que le Triton marbré se trouverait empêcher de rallier, depuis ce ruisseau, le ruisseau de Peyrounats par le talweg du sud de la parcelle, elle n'établit pas que cette situation de fait générerait une dégradation de l'habitat de cette espèce protégée.

• Enfin, l'étude d'impact prévoit encore, par une mesure MSU1, la mise en place d'un suivi écologique sur une période de 20 ans à partir de la mise en service du parc, afin d'appréhender l'impact du projet sur la flore et les habitats du site et vérifier l'efficacité des mesures proposées et, par une mesure MSU2, la mise en place d'un suivi de recolonisation du site par la faune sur 20 ans en cinq fois (n+1, n+3, n+5, n+ 10, n+20 avec deux passages pour chacune de ces années) impliquant une description du nombre d'espèces observées dans chaque secteur et une estimation du nombre d'individus par an, une analyse de la présence et de la reproduction des espèces patrimoniales et des évolutions annuelles et une adaptation de la gestion des milieux en fonction des résultats.

La Cour en déduit que c'est à tort que le tribunal a estimé que le projet de construction d'une centrale photovoltaïque présente un risque suffisamment caractérisé pour ces 3 espèces d'amphibiens et que la société pétitionnaire était tenue de présenter à ce titre, pour la réalisation de son projet de centrale photovoltaïque, un dossier de demande de dérogation aux interdictions de destruction d'espèces protégées prévues à l'article L. 411-1 du code de l'environnement.

‍