Dérogation "espèces protégées" : nouvelle jurisprudence

Le principe : une interdiction de portée générale

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L’article L. 411-1 du code de l’environnement consacre un régime de protection stricte des espèces animales non domestiques et végétales non cultivées, ainsi que de leurs habitats. Ce dispositif prohibe notamment la destruction, la capture, la mutilation ou encore la perturbation intentionnelle des spécimens de ces espèces, mais aussi la dégradation de leurs habitats.

Ce principe connaît toutefois des exceptions limitativement énumérées à l’article L. 411-2 du même code, qui autorise la délivrance de dérogations "espèces protégées" sous réserve du respect de trois critères cumulatifs :

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- l’absence de solution alternative satisfaisante ;

- la préservation du maintien dans un état de conservation favorable des populations concernées ;

- la justification de la dérogation par un motif d’intérêt général majeur (économique, social, environnemental ou de sécurité publique).

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Ces conditions reprennent fidèlement la logique du droit de l’Union européenne issue de l’article 16 de la directive 92/43/CEE “Habitats”, telle qu’interprétée par la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne (notamment CJUE, 4 mars 2021, aff. C-473/19).

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Une évolution récente : la consécration législative du « risque non suffisamment caractérisé »

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L’introduction de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement, dans sa rédaction issue de la loi du 30 avril 2025, marque une inflexion notable. Cette disposition prévoit que la dérogation n’est pas requise lorsqu’un projet comporte des mesures d’évitement et de réduction suffisamment effectives pour que le risque de destruction ou de perturbation apparaisse comme non suffisamment caractérisé.

Ce mécanisme illustre une volonté d’articuler davantage le droit des espèces protégées avec la logique de la séquence “éviter, réduire, compenser” (ERC) prévue à l’article L. 110-1 II 2° du code de l’environnement. Il repose sur une approche dynamique : tant que les mesures mises en œuvre garantissent l’absence d’impact significatif sur l’état de conservation des espèces, la dérogation devient superfétatoire.

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Application jurisprudentielle : la portée du raisonnement sur le terrain des énergies renouvelables

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L’arrêt commenté, rendu par la CAA de DOUAI, constitue une application éclairée de ce nouveau cadre. Il s’agissait d’un projet éolien implanté en zone agricole, hors périmètre de tout site naturel protégé. Les études d’impact avaient identifié la présence de plusieurs espèces de chiroptères (pipistrelle commune, sérotine commune, murins) et du faucon crécerelle, toutes inscrites sur les listes des arrêtés des 23 avril 2007 (mammifères) et 29 octobre 2009 (oiseaux).

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Après analyse, l’autorité administrative a estimé que les plans de bridage nocturne (entre le 1er mars et le 31 octobre, lors de conditions propices à l’activité des chauves-souris) ainsi que les mesures d’évitement spécifiques pour le faucon crécerelle – telles que la réduction de l’attractivité des plateformes et la mise en drapeau des éoliennes par vent faible – constituaient des dispositifs présentant des garanties d’effectivité suffisantes.

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Dès lors, conformément à l’article L. 411-2-1, le risque pour les espèces protégées a été considéré comme non suffisamment caractérisé, rendant inutile la délivrance d’une dérogation.

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Focus chiroptères

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S’agissant des chiroptères, l’arrêt retient plusieurs éléments successifs :

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- le site est situé en grandes cultures, hors zones naturelles protégées, et aucun axe migratoire n’a été mis en évidence ;

- l’étude d’impact confirme la présence de plusieurs espèces de chauves‑souris protégées, mais relève une activité globale qualifiée de « faible » ou de « moyenne à faible » ;

- le porter à connaissance maintient ce niveau d’impact brut à « moyen », en particulier pour la pipistrelle commune.

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Fn conséquencele préfet prescrit un plan de bridage renforcé, fondé sur l’avis de la DREAL, avec :

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- une période de bridage étendue (1er mars – 31 octobre) ;

- une plage horaire nocturne ciblant la période d’activité des chiroptères (de l’heure précédant le coucher du soleil à l’heure suivant le lever du soleil) ;

- des seuils de vent et de température (vent < 6 m/s, température > 7 °C) adaptés au comportement des espèces ;

- la possibilité d’adapter ces paramètres en fonction des résultats du suivi de mortalité et d’activité, intégré dans l’autorisation.

Le juge constate que l’impact résiduel, après mesures d’évitement et de réduction, est évalué à « faible » par l’étude écologique actualisée et que les requérants n’apportent aucun élément sérieux pour contredire cette analyse. Les mesures sont jugées dotées de garanties d’effectivité suffisantes, combinées à un dispositif de suivi permettant des ajustements.

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Conclusion pour cette séquence : le risque pour les chiroptères n’est pas suffisamment caractérisé, de sorte que la société pétitionnaire n’avait pas à obtenir de dérogation.

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Focus faucon crécerelle

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Pour le faucon crécerelle, l’arrêt souligne :

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- une présence avérée mais une activité très faible, l’espèce n’ayant été observée que quatre fois, avec des déplacements à une hauteur maximale de 20 mètres ;

- un impact brut initialement qualifié de « moyen à faible » en termes de risque de collision ;

- une réévaluation à « moyen » en raison de l’augmentation de la surface de balayage et de la hauteur des machines, combinée à une garde au sol abaissée.

La réponse du pétitionnaire consiste en un panel de mesures d’évitement et de réduction :

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- entretien des plateformes et réduction de leur attractivité afin de limiter la présence et le stationnement du rapace à proximité immédiate des éoliennes ;

- mise en drapeau des éoliennes lorsque la vitesse du vent est inférieure au seuil de production, ce qui réduit les interactions négatives lors des phases de vent faible, propices aux déplacements à basse altitude.

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Conclusion : L’étude conclut alors à un impact résiduel « faible », et cette conclusion n’est pas sérieusement contestée. Le juge applique le même raisonnement que pour les chiroptères : les mesures présentent des garanties d’effectivité suffisantes, et le risque n’apparaît pas suffisamment caractérisé pour imposer une dérogation.

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Conséquences pratiques pour la stratégie de projet

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L’arrêt rappelle la méthodologie opérationnelle à suivre :

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- la seule présence d’espèces protégées impose une analyse approfondie du risque, mais n’implique pas automatiquement une demande de dérogation ;

- la clé réside dans la démonstration d’un risque résiduel faible, au moyen de mesures d’évitement et de réduction techniquement robustes, précises, et adaptées aux comportements des espèces ;

- la mise en place d’un suivi écologique post‑mise en service, explicitement intégré dans l’autorisation, joue un rôle déterminant dans l’appréciation des « garanties d’effectivité » ;

- lorsqu’un doute sérieux subsiste sur la capacité des mesures à ramener le risque à un niveau non suffisamment caractérisé, la prudence commande de préparer un dossier de dérogation, sous peine de voir le projet fragilisé en contentieux.

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Cet arrêt confirme plusieurs enseignements clés pour les maîtres d’ouvrage :

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- Anticiper très en amont les enjeux faunistiques : une étude d’impact rigoureuse, exhaustive et actualisée sur plusieurs cycles biologiques est indispensable.

- Formaliser les mesures d’évitement et de réduction dans un plan d’action précis, hiérarchisé et suivi dans le temps.

- Documenter l’effectivité des mesures par un dispositif de suivi écologique (suivi de mortalité, contrôle d’activité, ajustement des paramètres de bridage).

- Argumenter sur le caractère "non suffisamment caractérisé" du risque, en s’appuyant sur les données scientifiques, les avis des services instructeurs (notamment DREAL) et la jurisprudence.

- Sécuriser la stratégie juridique : en cas de doute sérieux sur l’efficacité des mesures, il demeure préférable de solliciter une dérogation pour éviter les contentieux postérieurs à la délivrance de l’autorisation environnementale.